Παρουσιάζει μεγάλη ποικιλία σε σχέση με το μέγεθος του νησιού. (Κυριαρχεί ο κέδρος, το θαμνοκυπάρισσο, ο σχίνος, που υπάρχουν σε μορφή θάμνου και δέντρου, και αμμόφιλη βλάστηση).

Το κεδρόδασος της Χρυσής είναι ιδιαίτερα σπάνιο σε έκταση και σε δομή για τον ελλαδικό χώρο. Έχει έκταση 350 περίπου στρέμματα και η πυκνότητα των κέδρων είναι 14 δέντρα ανά στρέμμα. Περιλαμβάνει αιωνόβια δέντρα με μέση ηλικία από 200 ως 300 χρόνια, ύψος μέχρι και 10 μέτρα και διάμετρο του κορμού που φτάνει το 1 m. Οι κέδροι έχουν ριζικό σύστημα που αναπτύσσεται σε ακτίνα τουλάχιστον διπλάσια από το ύψος τους! Εκτός από τις μεγάλες ρίζες τους μια τεράστια ποσότητα πολύ λεπτών ριζών διαμορφώνουν ένα πυκνό πλέγμα που συγκρατεί την άμμο.

Ο αριθμός των φυτικών ειδών της Χρυσής είναι πολύ μεγάλος σε σχέση με την έκτασή της και αντιστοιχεί στο 1/20 της κρητικής χλωρίδας! Τα είδη αυτά, που υπάρχουν στο νησί, κυμαίνονται από σπάνια σε ακτές της νότιας κυρίως Ευρώπης έως μοναδικά σ’ όλο τον κόσμο.

Στη θαλάσσια περιοχή γύρω από τη Χρυσή η ποικιλία και οι πληθυσμοί των θαλάσσιων ειδών αυξάνουν κατακόρυφα, γιατί το νερά είναι πολύ ρηχά. Μια έκταση περίπου εξαπλάσια αυτής του νησιού (30km2) το κυκλώνει, χωρίς να ξεπερνά σε βάθος τα 20m.

Τα περισσότερα είδη ζώων του νησιού έχουν μεσογειακή εξάπλωση. Κανένα δεν είναι επικίνδυνο για τον άνθρωπο.

Η θαλάσσια χελώνα Caretta caretta έχει παρατηρηθεί πολλές φορές στο νησί, χωρίς, όμως, να έχει αναφερθεί ωοτοκία. Έχουν αναφερθεί συνολικά πάνω από 120 είδη πουλιών, στην πλειοψηφία τους μεταναστευτικά, τα οποία βρίσκουν τροφή και ξεκούραση στο νησί, για να συνεχίσουν το ταξίδι τους.

Στα πρόσφατα χρόνια είχαν εισαχθεί από τους κατοίκους της απέναντι ακτής πέρδικες, λαγοί και κουνέλια. Οι λαγοί, έχουν εκλείψει, ενώ γίνεται συστηματική προσπάθεια για να απομακρυνθούν και τα κουνέλια.

Παλιότερα, όταν ακόμα δεν την απειλούσε τόσο έντονα ο άνθρωπος , η μεσογειακή φώκια (Monachus monachus) έβγαινε για να λιαστεί στις παραλίες του νησιού. Σήμερα σπάνια κάνει την εμφάνισή της και μόνο το τοπωνύμιο «Φωκόσπηλιο» στο βορειοδυτικό άκρο της Χρυσής μας θυμίζει την άλλοτε συχνή παρουσία της. Ιστορία

Τους τελευταίους αιώνες η Χρυσή είναι ακατοίκητη, αλλά παλιότερα υπήρχαν μικροί οικισμοί. Στο δυτικό και ανατολικό μέρος του νησιού είναι εμφανής (διάσπαρτα όστρακα) η δραστηριότητα που αναπτύχθηκε κατά τη Μινωική εποχή. Στα βορειοδυτικά υπάρχει εκκλησία του Αγίου Νικολάου, που χτίστηκε πιθανότατα το 13ο αιώνα. Βορειοανατολικά της εκκλησίας υπάρχει μια παλιά αλυκή και το μοναδικό σπίτι του νησιού, που είναι χτισμένο πάνω σε αρχαίες εγκαταστάσεις. Νότια και νοτιοδυτικά του Αγίου Νικολάου υπάρχουν πηγάδια και λαξευτοί τάφοι. Ο μεγαλύτερος απ’ αυτούς είναι Ρωμαϊκής εποχής. Περιήγηση Το συνολικό μήκος των μονοπατιών του νησιού είναι περίπου 10km, δηλαδή περίπου τρεις ώρες χαλαρού περιπάτου. Το μόνο που θα χρειαστείτε για να γυρίσετε το νησί είναι απλά αθλητικά παπούτσια και φυσικά καπέλο, αντηλιακό και νερό , απαραίτητα για τις πολύ υψηλές θερμοκρασίες και την έντονη ακτινοβολία, ιδιαίτερα στους καλοκαιρινούς μήνες.

Ο επισκέπτης που δε θέλει να περπατήσει πολύ, μπορεί να απολαύσει τη γαλαζοπράσινη θάλασσα είτε στην παραλία δίπλα στο χώρο αποβίβασης είτε ακριβώς απέναντι με περπάτημα μόλις 5 λεπτών, στη βόρεια παραλία του νησιού.

Η διατήρηση του φυσικού περιβάλλοντος της Χρυσής πέρα από τις ηθικές διαστάσεις που έχει, επιβάλλεται και από ένα αυστηρό εθνικό και ευρωπαϊκό θεσμικό καθεστώς προστασίας .

Έτσι δεν επιτρέπεται

• Η οποιαδήποτε μορφή ρύπανσης
  
• Η μετακίνηση των επισκεπτών εκτός των οροθετημένων μονοπατιού και του αιγιαλού.
  
• Η συλλογή πετρωμάτων, απολιθωμάτων, κοχυλιών και αρχαίων ευρημάτων.
  
• Η συλλογή ζώων και φυτών
  
• Η ελεύθερη κατασκήνωση
  
• Το άναμμα φωτιάς
  
• Το κάπνισμα σε θαμνώδεις και δασώδεις περιοχές

Νησίδες της Κρήτης