Η Γκουίνεβιρ είναι περισσότερο γνωστή για την ερωτική σχέση της με τον αρχηγό των Ιπποτών του Αρθούρου, Λάνσελοτ. Η προδοσία τους απέναντι στον Αρθούρο σηματοδοτεί την αρχή της πτώσης του βασιλείου.

Όταν αποκαλύπτεται η σχέση τους, ο Λάνσελοτ φεύγει μακριά για να σωθεί, ενώ ο Αρθούρος απρόθυμα καταδικάζει τη βασίλισσά του να καεί στην πυρά. Γνωρίζοντας πως ο Λάνσελοτ θα προσπαθήσει να σταματήσει την εκτέλεση, στέλνει πολλούς από τους Ιππότες του να φρουρούν την πυρά, αν κι ο Γκάβιν αρνείται να συμμετάσχει. Ο Λάνσελοτ φτάνει και σώζει τη Γκουίνεβιρ, αλλά στη μάχη που ακολουθεί σκοτώνονται δυο αδέρφια του Γκάβιν, ο οποίος εξαγριωμένος ωθεί τον Αρθούρο σε πόλεμο με το Λάνσελοτ. Όταν ο Αρθούρος πηγαίνει στη Γαλλία για να πολεμήσει το Λάνσελοτ, αφήνει τη Γκουίνεβιρ υπό την προστασία του γιου του, Μόρντρεντ, ο οποίος όμως σχεδιάζει να παντρευτεί ο ίδιος τη βασίλισσα και να ανεβεί στο θρόνο. Σε κάποιες εκδοχές, η Γκουίνεβιρ δέχεται την πρόταση του Μόρντρεντ, αλλά σε άλλες κρύβεται στον Πύργο του Λονδίνου και μετά βρίσκει καταφύγιο σε ένα μοναστήρι.

Μαθαίνοντας την προδοσία, ο Αρθούρος επιστρέφει στη Βρετανία και σκοτώνει το Μόρντρεντ στη μάχη του Κάμλαν, τραυματίζεται όμως ο ίδιος θανάσιμα και μεταφέρεται στο νησί του Άβαλον είτε από το Μέρλιν, σύμφωνα με το θρύλο, είτε από την ίδια τη Μοργκάνα λε Φέι. Η Γκουίνεβιρ συναντάει το Λάνσελοτ για τελευταία φορά κι έπειτα επιστρέφει στο μοναστήρι, όπου και περνάει το υπόλοιπο της ζωής της.