Το τοπωνύμιο είναι πατριδωνυμικό. Παράγεται από τις λέξεις καλό + χωράφι και το επίθημα –ίτης δηλωτικό της καταγωγής > Καλοχωραφίτης = ο καταγόμενος από το Καλό Χωράφι. Πιθανότατα αναφέρεται στον πρώτο οικιστή της περιοχής Καλό Χωράφι. Αργότερα το πατριδωνυμικό μετατρέπεται σε τοπωνύμιο Καλοχωραφίτης και οι κάτοικοί του αποκαλούνται Καλοχωραφιθιανοί. Στην εμπρόθετη μορφή του γίνεται στο gαλοχωραφίτη και στου Καλοχωραφίτη.
Ιστορικά στοιχεία

Για πρώτη φορά γίνεται μνεία του οικισμού σε συμβόλαιο του ταβουλλάριου Μανουήλ Μορζήνου στις 28 Ιανουαρίου 1399, στο οποίο ο Κωστής Έντζος από το χωριό Καλ(ό) Χοράφη ανακηρύσσει κληρονόμο του τον γιο του Νικόλαο Έντζο. «Γεμάτην καί ἀπαραίτητον | σεγουρτάδαν καί ἀφυέρωσιν πιώ ἐγο Κοστῆς ὁ Ἔντζος κατ(οικούμενος) στο χορηον Καλ(ό) Χοράφη πρός ἐσέ τόν πανφήλτατό μου υἱόν τόν Νικόλ(αον) Ἔντζον κατ(οικούμενον) ος ιρυτε». (Το χωριό Καλό Χωράφι κατά τον Μανούσακα πιθανόν να ταυτίζεται με τον Καλοχωραφίτη)

Με το ίδιο όνομα Calo Chorafi εμφανίζεται σε έγγραφο χρονολογούμενο στις 1 Οκτώβρη 1454. Πρόκειται για μια απόφαση του ρέκτορα των Χανίων, που αφορά στην αποτυχημένη εξέγερση του Παύλου Βλαστού (1453-1454). Συγκεκριμένα ο Ανδρέας De Graecis, ο οποίος παρέδωσε στις βενετσιάνικες αρχές τον ιερέα Παύλο Καλύβα, έναν από τους βασικούς πρωτεργάτες της επανάστασης, ζητά ως αντάλλαγμα για τις προσφερθείσες υπηρεσίες του την παραχώρηση αμνηστίας στο κατάδικο Φραγκίσκο Gradonico, ο οποίος δολοφόνησε το Γεώργιο Κάλβο, γιο του Μιχαήλ. Ο Γεώργιος Κάλβος, ενόσω ζούσε, κατοικούσε στο χωριό Καλό Χωράφι, ως βιλλάνος του κρητικού δούκα Καλλέργη: «pro homicidio per eum perpetrato in personam Georgii Calvi, filii Micaelis, villani de cha Calergi, olim habitatoris in casali Calo Chorafi». (Και ο Σπανάκης θεωρεί ότι αναφέρεται και στις δυο περιπτώσεις στον Καλοχωραφίτη)

Ο οικισμός αναφέρεται στην καστελανία της Πυργιώτισσας από τον Francesco Barozzi το 1577 ως Caloghorafici, το 1583 από τον Pietro Castrofilaca ως Caloghorafiti με 108 κατοίκους και από τον Francesco Basilicata το 1630 ως Calochorafiti. Από την περίοδο αυτή σώζεται σε αρκετά καλή κατάσταση – παρόλο που κατακάηκε το 1866 - το ολόγραφο εκκλησάκι του Αγίου Γεωργίου του Μεθυστή , νοτίως του οικισμού Κάτω Μετόχι, αγιογραφημένο με την τεχνική του a fresco, το πρώτο μισό του 15ου αιώνα.

Στις τουρκικές απογραφές του 1671 και 1672 καταγράφεται Kalohorafiti με 5 υπόχρεους σε φορολογία κατοίκους, ενώ στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 αναφέρεται Kalochorafi με 4 χριστιανικές και 4 μουσουλμανικές οικογένειες.

Το 1881 ο Καλοχωραφίτης, που τότε συνίστατο σε τρεις συνοικισμούς (Κάτω Μετόχι, Μέση, Πίσω Ρούμα) είναι ενταγμένος στο δήμο Κισσών με 28 χριστιανούς και 43 μουσουλμάνους κατοίκους. Στον ίδιο δήμο καταγράφεται και το 1900 με 47 κατοίκους. Από τους τρεις συνοικισμούς του Καλοχωραφίτη μόνο το Κάτω Μετόχι σώζεται σε ερειπιώδη κατάσταση. Τα άλλα δυο τοπωνύμια είναι άγνωστα για τους κατοίκους της περιοχής.

Από το 1920 ως το 1998 εντάσσεται στην κοινότητα Μαγαρικαρίου.

Το 1920 με 103 κατοίκους,
το 1928 με 109,
το 1940 με 113,
το 1951 με 157,
το 1961 με 142,
το 1971 με 102,
το 1981 με 115,
το 1991 με 131 και
το 2001 με 115.

Από το 1998 ο Καλοχωραφίτης εντάχθηκε στο δήμο Τυμπακίου και από το 2011 στον καλλικρατικό Δήμο Φαιστού, χωρίς όμως να αποτελεί ανεξάρτητο δημοτικό διαμέρισμα.

Βιβλιογραφία

Ανδρέας Λενακάκης, Πυργιώτισσα. Ονομάτων Επίσκεψις, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη, Ηράκλειο 2013