Πολύ σημαντική χρονολογία υπήρξε το έτος 49 ή 50 μ.Χ., όταν ο Απόστολος Παύλος επισκέφθηκε τους Φιλίππους και ίδρυσε την πρώτη Χριστιανική Εκκλησία της Ευρώπης. Το γεγονός αυτό ανέδειξε την πόλη σε μητρόπολη του Χριστιανισμού. Κατά τους Βυζαντινούς χρόνους (963 με 969 μ.Χ.) ανοικοδομούνται τα τείχη της πόλης και κτίζονται οι πύργοι και το τείχος της ακρόπολης.

Η ανασκαφική έρευνα άρχισε στους Φιλίππους στα 1914 από την Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή. Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο η Αρχαιολογική Υπηρεσία και η Αρχαιολογική Εταιρεία διενήργησαν συστηματικές ανασκαφές. Σήμερα, η Αρχαιολογική Υπηρεσία, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή συνεχίζουν την αρχαιολογική έρευνα. Τα ευρήματα των ανασκαφών εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο ΦιλίππωνΜουσείο Φιλίππων.

Αναστηλωτικές εργασίες έχουν γίνει στα περισσότερα μνημεία του αρχαιολογικού χώρου Φιλίππων. Σήμερα βρίσκεται σε εξέλιξη ένα πρόγραμμα στερέωσης, αναστήλωσης και ανάπλασης του αρχαίου θεάτρου Φιλίππων, στο πλαίσιο του ευρωπαϊκού προγράμματος 1994 "Ιστορικά Κτήρια και Χώροι Θεαμάτων".