Η Μονή Καπουτσίνων Αθηνών ιδρύθηκε από το θρησκευτικό Τάγμα Καπουτσίνων το 1658 όταν μέλη αυτού αντικατέστησαν τους προ δεκατριών ετών εγκαταστημένους στην Αθήνα Ιησουΐτες που είχαν εν τω μεταξύ εκείνοι αποσυρθεί στη Χαλκίδα.

Το 1669 οι Καπουτσίνοι αγόρασαν από τους Τούρκους το Μνημείο του Λυσικράτη και πλησίον αυτού ίδρυσαν ξενώνα χρησιμοποιώντας και το μνημείο για διαμονή τους. Οι Καπουτσίνοι παράλληλα έκαναν και πολλές τοπογραφικές μελέτες της Αθήνας. Μεταξύ των πολλών, στα κελιά παρά του μνημείου φιλοξενήθηκε από τους Καπουτσίνους και ο Λόρδος Βύρων στο πρώτο του ταξίδι στην Ελλάδα.

Σημειώνεται πως ο χάρτης και το σχεδιάγραμμα των Αθηνών που εκπόνησαν οι Καπουτσίνοι είναι τα αρχαιότερα απ΄ όσα σώζονται. Επίσης ο Γκιλλέ στο έργο του "Αι Αθήναι, η παλαιά και η νέα πόλις" (Παρίσι 1675) φέρεται ότι είχε μπροστά του τις τοπογραφικές μελέτες αυτές.

Η Μονή αυτή φέρεται να διαλύθηκε περί τα μέσα του 18ου αιώνα.