Ο Άγιος Αγαθόνικος ήταν από τη Νικομήδεια, και τον συνέλαβε ο κόμης Ευτόλμιος, ο οποίος, όταν επέστρεφε από την περιοδεία του στον Πόντο, όπου είχε πάει για να καταδιώξει χριστιανούς, βρήκε στην Κάρπη τον Ζωτικό, τον οποίο θανάτωσε μαζί με τους μαθητές του. Εκεί έμαθε ότι ο πρίγκιπας της πόλης έγινε χριστιανός από κάποιον Αγαθόνικο. Τότε συνέλαβε τον πρίγκιπα και τον Αγαθόνικο και, αφού τους τιμώρησε μαζί με άλλους χριστιανούς, κατόπιν όλους μαζί τους οδήγησε στο βασιλιά, που βρισκόταν στη Θράκη. Αλλά στο δρόμο, κοντά σε ένα χωριό ονομαζόμενο Ποταμός, σκότωσε τους Ζήνωνα, Θεοπρέπιο, Ακίνδυνο και Σεβηριανό, καθώς από τις πολλές πληγές που είχαν στα πόδια τους δεν μπορούσαν πλέον να βαδίσουν. Όταν έφθασε ατό χωριό Άμμους κοντά στη Σηλυβρία, με βασιλική διαταγή αποκεφάλισε, έτσι όπως τους είχε δεμένους, τον Αγαθόνικο, τον πρίγκιπα και τους άλλους χριστιανούς.

Η μνήμη του τιμάται από την Ορθόδοξη Εκκλησία στις 22 Αυγούστου.