Με το όνομα Πολυφόντης αναφέρονται τρία διαφορετικά πρόσωπα της ελληνικής μυθολογίας, τα εξής:

1. Απόγονος του Ηρακλή (Ηρακλείδης), που δολοφόνησε τον Κρεσφόντη, τους δύο από τους γιους του και τη σύζυγό του Μερόπη, προκειμένου να του πάρει το βασίλειο, τη Μεσσηνία. Είχε επιβιώσει ωστόσο ο τρίτος γιος του Κρεσφόντη και της Μερόπης, ο Αίπυτος. Ο Αίπυτος σκότωσε τον Πολυφόντη και έγινε βασιλιάς της Μεσσηνίας.

2. Ο ηνίοχος του Λαΐου, που σκότωσε ένα από τα άλογα του Οιδίποδα στη «στενή οδό», εκεί όπου ο Οιδίπους συναντήθηκε με αυτούς χωρίς να γνωρίζει ότι ο Λάιος ήταν ο πατέρας του. Μετά από αυτό, ο Οιδίπους σκότωσε τον Λάιο και τον Πολυφόντη, για να εκπληρωθεί έτσι η προφητεία ότι ο Οιδίποδας θα σκότωνε τον πατέρα του. Σύμφωνα με άλλες πηγές όμως, ο ηνίοχος του Λαΐου στο συγκεκριμένο επεισόδιο ονομαζόταν Πολυφήτης.

3. Θηβαίος ήρωας, γιος του Αυτοφόνου. Ο Πολυφόντης, από κοινού με τον Μαίονα, ήταν επικεφαλής 50 Θηβαίων κατά την εκστρατεία των «Επτά επί Θήβας» που στάλθηκαν να στήσουν ενέδρα στον απεσταλμένο του Πολυνείκη Τυδέα και σκοτώθηκε από αυτόν. Στην τραγωδία του Αισχύλου «Επτά επί Θήβας», ο Πολυφόντης παρουσίαζεται (στίχος 445) να υπερασπίζεται τη μία από τις επτά πύλες των Θηβών («Ηλεκτρίδες πύλες») εναντίον του Καπανέως.