Ο Αφαρέας ήταν γιος του Περιήρη και της Γοργοφόνης, κόρης του Περσέως. Αδέλφια του Αφαρέως ήταν οι Λεύκιππος, Τυνδάρεως και Ικάριος. Πήρε ως σύζυγό του την Αρήνη και απέκτησαν δύο γιους, τον Ίδα και τον Λυγκέα. Ο Παυσανίας αναφέρει (Γ 1, 4) ότι ο Αφαρέας όταν βασίλεψε στη Μεσσηνία φιλοξένησε τον Τυνδάρεω που καταδιωκόταν από τον Ικάριο και τον Ιπποκόοντα, οι οποίοι τον είχαν εκδιώξει από τη Σπάρτη. Ο Αφαρέας φιλοξένησε επίσης τον Νηλέα, τον μετέπειτα βασιλιά των παραλιακών πόλεων της δυτικής Μεσσηνίας και της Πύλου, καθώς και τον Λύκο, τον γιο του Πανδίωνα, ο οποίος εισήγαγε τα μυστήρια των «Μεγάλων Θεών» στη Μεσσηνία.

Νεότεροι μύθοι μιλούν για τη διαμάχη ανάμεσα στους γιους του Αφαρέα, που ονομάσθηκαν Αφαρητιάδες ή Αφαρητίδες, και τους Διοσκούρους. Τον 4ο αιώνα π.Χ., όταν ο Επαμεινώνδας αποκατέστησε τη μεσσηνιακή λατρεία, ο Αφαρεύς και οι γιοι του ενσωματώθηκαν στον ιερατικής προελεύσεως γενεαλογικό κατάλογο των Μεσσηνίων βασιλέων και εικόνες τους τοποθετήθηκαν στον ναό του Τρίοπα στη Μεσσήνη.

Ιδομενέας, Αφαρέας Tabula Iliaca

* Με το όνομα Αφαρέας ήταν γνωστός και ένας Αχαιός ήρωας που σκοτώθηκε από τον Αινεία στον Τρωικό Πόλεμο, κατά τη μάχη για το σώμα του Ασκαλάφου. Αυτός ο Αφαρέας ήταν γιος του Καλήτορα.