Στην Ιερά Μητρόπολη Πειραιώς υπάγονται 30 Ενοριακοί Ναοί, που κατανέμονται σε 4 Αρχιερατικές Περιφέρειες, 11 Παρεκλήσια και 1 Ναός Κοιμητηρίων. Αυτοί είναι:

Ενοριακοί Ναοί

* Α' Αρχιερατική Περιφέρεια

1. Αγίας Τριάδος Καθεδρικός Ναός
2. Αγίου Δημητρίου Ν. Φάληρο.
3. Αγίου Νικολάου Πειραιάς.
4. Αγίου Σπυρίδωνος Πειραιά.
5. Αγίου Χαραλάμπους Καστέλλα.
6. Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης Πειραιά.
7. Ευαγγελιστρίας Πειραιά.
8. Παναγίας Μυρτιδιώτισσας Πειραιά.
9. Προφήτη Ηλία Καστέλλα
10. Τιμίου Σταυρού Καστέλλα.

* Β' Αρχιερατική Περιφέρεια

1. Αγίας Παρασκευής Καλλίπολις.
2. Αγίου Βασιλείου Καλλίπολις.
3. Αγίου Νείλου Πειραιά.
4. Ζωοδόχου Πηγής Χ"κυριάκειο.
5. "Ρόδον Αμάραντον" Πειραιά.

* Γ' Αρχιερατική Περιφέρεια

1. Αγίας Μαρίνας Πειραιά.
2. Αγίας Σοφίας Αγιά Σοφιά.
3. Αγίου Ελευθερίου Καμίνια.
4. Αγίου Ιωάννη Ρέντη Ρέντης.
5. Αγίου Ιωάννη Βαπτιστή Ρέντης.
6. Αγίων Αναργύρων Καραβά.
7. Εισοδίων Θεοτόκου Βώκος.
8. Κοίμησης Θεοτόκου Ρέντης.
9. Μεταμόρφωσης Σωτήρος Π. Κοκκινιά.

* Δ' Αρχιερατική Περιφέρεια

1. Αγίου Διονυσίου Πειραιά
2. Αγίου Παντελεήμονος Δραπετσώνα
3. Αγίου Φανουρίου Δραπετσώνα.
4. Υπαπαντής Κυρίου Πειραιά.
5. Αγίου Δημητρίου Ταμπούρια.
6. Αναλήψεως Κυρίου Δραπετσώνα.

Ιδρυματικοί Ναοί
Ο Κ.Ι.Ν. Αγίας Αικατερίνης Πειραιά.

Ονομάζονται και Καθιδρυματικοί Ιεροί Ναοί ή Παρεκκλήσια και αυτοί είναι:

1. Αγίας Αικατερίνης Καστέλα.
2. Αγίας Βαρβάρας Αμφιάλη.
3. Αγίας Βαρβάρας Τζάνειο Ορφανοτροφείο.
4. Αγίας Όλγας Ναυτικό Νοσοκομείο Πειραιώς.
5. Αγίου Χαραλάμπους Πειραιά.
6. Αγίων Αναργύρων Καλίπολη.
7. Αγίων Αναργύρων Καραβάς.
8. Αγίων Αναργύρων Τζάνειο Νοσοκομείο.
9. Ζωοδόχου Πηγής Καμίνια.
10. Ζωοδόχου Πηγής Κοκκινιά
11. Μεταμόρφωσης Σωτήρος Παλαιά Κοκκινιά.