Το κτήριο του Μουσείου βρίσκεται στη καρδιά του ιστορικού κέντρου της Καλαμάτας, εκεί όπου παλιά βρισκόταν η Δημοτική Αγορά της πόλης, που κατακλυζόταν καθημερινά από το πολύβουο πλήθος των εμπόρων και των πελατών της.

Μετά τον καταστροφικό σεισμό του 1986 το οικοδόμημα της Αγοράς κατεδαφίστηκε λόγω των σοβαρών ζημιών που είχε υποστεί. Το νέο οικοδόμημα που κατέλαβε τη θέση της παλαιάς Αγοράς, παραχωρήθηκε από το Δήμα Καλαμάτας στο Υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να λειτουργήσει ως Αρχαιολογικό Μουσείο.

Στόχος της έκθεσης είναι η όσο το δυνατόν πληρέστερη παρουσίαση των αρχαιοτήτων της Μεσσηνίας διαχρονικά, δηλαδή από τους Προϊστορικούς χρόνους έως και τη Βυζαντινή εποχή, προκειμένου ο επισκέπτης κατά την περιήγησή του στις επιμέρους εκθεσιακές ενότητες, να αποκτά σφαιρική αντίληψη της πολιτισμικής εξέλιξης κάθε περιοχής δια μέσου των αιώνων.

Ακολουθώντας την παλιά γεωγραφική διαίρεση του νομού σε τέσσερις επαρχίες, Καλαμάτας, Μεσσήνης, Πυλίας και Τριφυλίας, η έκθεση αναπτύσσεται σε αντίστοιχες μεγάλες γεωγραφικές ενότητες, μέσα στις οποίες εντάσσονται οι σημαντικότερες αρχαιολογικές θέσεις με αντιπροσωπευτικά ευρήματα, που προέρχονται είτε από ανασκαφές, είτε από επιφανειακές έρευνες ή ακόμη και από τυχαίες παραδόσεις αρχαίων, από τους απλούς πολίτες.

Προκειμένου ο επισκέπτης να "διεισδύσει" στις γεωγραφικές ενότητες, ακολουθεί μια κεντρική "οδική αρτηρία", ανάμεσα στις προθήκες και τα εκθέματα, θυμίζοντας τη ροή του ποταμού Παμίσου, που διατρέχει μεγάλο μέρος της Μεσσηνίας και εκβάλει στο Μεσσηνιακό κόλπο.

Από την κεντρική κυκλοφοριακή αρτηρία διακλαδώνονται οι δευτερεύοντες δρόμοι που οδηγούν στις τέσσερις ενότητες των επαρχιών. Κάθε ενότητα παρουσιάζει αυτοτέλεια και ο επισκέπτης μπορεί επιλεκτικά να δει μέρος της έκθεσης, χωρίς να ακολουθήσει ολόκληρη την πορεία της κεντρικής αρτηρίας.

Παράλληλα, προκειμένου να υπάρξει ολοκληρωμένη ιστορική αντίληψη τόσο για την πολιτική όσο και για την πολιτιστική οντότητα ορισμένων περιοχών της Μεσσηνίας στην Αρχαιότητα, σηματοδοτούνται με εποπτικό υλικό δέκα θεματικές ενότητες, μέσα από τις οποίες γίνεται ερμηνεία της ιστορίας με βάση το χώρο στον οποίο διαδραματίστηκαν διάφορα γεγονότα.

Οι ενότητες αυτές είναι: "Οι Βιλλεαρδουίνοι και η Μεσσηνία", "Η Μάνη και το Δεσποτάτο του Μορέως", "Θουρία μια 'περίοικος' πόλη", "Έξω Μάνη, στα σύνορα Μεσσηνίας-Λακωνίας", "Ο όσιος Νίκων ο 'Μετανοείτε' και η Μεσσηνία", "Η πρωτεύουσα του ανεξάρτητου μεσσηνιακού κράτους στις υπώρειες της Ιθώμης", "Η Ενετοκρατούμενη Πυλίας (1206-1500)", "Ένα μυκηναϊκό κέντρο στο μεσσηνιακό κόλπο", "Η 'επικράτεια' του ανακτόρου του Νέστορος", "Οι Μυκηναίοι της Τριφυλίας".