Markos Botsaris (* 1788 in Suli; † 21. August 1823) war ein griechischer Führer im Unabhängigkeitskrieg der Griechen.

Geboren in Epirus, einer Region im Nordwesten Griechenlands, in der Stadt Suli, war er der zweite Sohn Kitsos Botsaris', welcher 1809 durch den Auftrag von Ali von Ioannina ermordet wurde. 1803 fuhr er über zu den Ionischen Inseln, wo er in Dienst eines suliontischen Regiments in französischer Bezahlung ging.

1814 trat er der Griechischen Patriotischen Gesellschaft bei, welche auch bekannt war als "Filiki Eteria". Beim Ausbruch der griechischen Revolte zeichnete er sich durch seine Courage und Führungseigenschaften bei den Kämpfen im westlichen Hellas aus. In der Nacht des 21. August 1823 führte er die Attacke bei Karpenisi mit 350 Sulioten gegen 4000 Albaner, welche die Vorhut der Belagerungsarmee des Mustai Pasha bildeten. Es kam zur Niederlage der Türken, aber auch Botsaris selbst fiel. Juste Olivier schrieb 1825 ein Gedicht für Markos Botzaris.

Sein Andenken wird in vielen populären Balladen in Griechenland zelebriert. Markos' Bruder Kostas Botsaris, welcher bei Karpenisi kämpfte, vervollständigte den Sieg und lebte weiterhin als General und Senator in dem Griechischen Reich. Er starb in Athen am 13. November 1853. Markos' Sohn, Dimitrios Botsaris, geboren 1813, war dreimal Kriegsminister unter den Königen Otho und George. Er starb in Athen am 17. August 1870.