Johannes III. Dukas Batatzes (Ιωάννης Γ΄ Δούκας Βατάτζης) (* 1193 in Didymoteichon; † 3. November 1254 in Nymphaion bei Smyrna) war byzantinischer Kaiser im Exil in Nicäa ab 1222.

Aufgrund seiner Verdienste als Soldat wurde er 1222 von seinem Schwiegervater Theodor I. zum Nachfolger bestimmt. Er organisierte die Reste des byzantinischen Reichs und machte es mit seinem Können zum stärksten und reichsten Fürstentum in der Levante. Er sicherte die Ostgrenze durch ein Abkommen mit den Seldschuken und die Ansiedlung von Wehrbauern und brach anschließend auf, um die europäischen Besitzungen seiner Vorgänger zurück zu erobern.

Während seine Flotte die Lateiner in der Ägäis belästigte und seine Macht um Rhodos erweiterte, dann auch Chios, Lesbos und Samos zurück eroberte, schlug seine Armee, um fränkische Söldner verstärkt, die Kräfte des Lateinischen Kaiserreichs auf offenem Feld und drängte sie 1225 fast völlig aus Kleinasien heraus.

Während einer Belagerung Konstantinopels, die er 1235 gemeinsam mit den Bulgaren anstrengte, ohne Erfolg blieb, erreichte er später im Kampf gegen diese, dass er große Teile Thrakiens und Makedoniens zurück erhielt, sowie die Oberherrschaft über die Despotate von Thessaloniki (1246) und Epirus (1252). Die schließliche Rückeroberung Konstantinopels durch die Byzantiner ist letztlich auf seine Anstrengungen zurückzuführen.

Johannes III. war Schwiegersohn des Kaisers Friedrich II.. Seine Versuche, mit der Katholischen Kirche zusammenzugehen, scheiterten. Von der Orthodoxen Kirche hingegen wurde er als "Johannes des Barmherzige" heilig gesprochen (Festtag: 4. November).

Vorgänger Theodor I.
Kaiser von Byzanz 1222-1254
Nachfolger Theodor II.